Elle est composée de 7 juges élus (parmi les ressortissants des Etats-parties) pour 7 ans renouvelables une fois. La Cour élit en son sein pour une durée de trois ans et six mois non renouvelables son président et ses deux vice-présidents.

Le règlement de procédure de la Cour Commune de Justice et d'Arbitrage a été adopté par le Conseil des Ministres de la Justice et des Finances de l'OHADA le 18 avril 1996. Ce règlement prévoit les règles d'organisation de la Cour (élection et fonction du président, des juges et du greffe de la Cour, constitution des Chambres,...), ainsi que les règles de procédure contentieuse et consultative.
Le siège de la Cour est à Abidjan (Côte d'Ivoire).