Aux termes de l’article 39 alinéa 2 du Traité révisé « Après avis de la Cour, le Président nomme…le Secrétaire Général chargé d’assister celle-ci dans l’exercice de ses attributions d’administration de l’arbitrage ».

Il procède à l’enregistrement des requêtes en arbitrage et les notifie aux parties défenderesses en y joignant un exemplaire du règlement d’arbitrage du centre.

Il saisit la Cour pour la fixation des provisions, pour la mise en œuvre de l’arbitrage et le cas échéant, pour la fixation du lieu de l’arbitrage lorsque cette question n’a pas été tranchée par les parties (cf. art. 8 et 13 du règlement d’arbitrage).

En l’absence de convention d’arbitrage visant la CCJA, il informe la partie demanderesse, qu’il se propose de saisir la Cour en vue de la voir décider que l’arbitrage ne peut avoir lieu.

Il est également chargé d’établir sous le contrôle de la Cour, les documents destinés à l’information des parties, des conseils et des arbitres ou nécessaires au déroulement du processus arbitral.

Il résulte de l’article 11.2 du règlement d’arbitrage que les provisions sont versées au Secrétaire Général avant la remise du dossier au tribunal arbitral.

Celui-ci assure la supervision des opérations d’encaissement ou de paiement exécutées par le Régisseur dans le cadre du processus arbitral.

Dès que les sentences sont rendues, il appartient au Secrétaire Général de les notifier aux parties après que celles-ci auront intégralement réglé les frais d’arbitrage. Les copies supplémentaires certifiées conformes à l’original peuvent être également remises aux parties par le Secrétaire Général.

Aux termes de l’article 5.5 du règlement intérieur en matière d’arbitrage que « le Secrétaire Général conserve dans les archives de la Cour toutes les sentences, le procès-verbal constatant l’objet de l’arbitrage et fixant le déroulement de la procédure, les décisions de la Cour, ainsi que la copie du courrier pertinent rédigé par le Secrétariat dans chaque affaire d’arbitrage ».